Melalui suatu proses penataan departemen di lingkungan IPB, Rektor IPB memutuskan pembentukan departemen baru, yaitu Departemen Anatomi, Fisiologi dan Farmakologi  (AFF) berdasarkan SK. Rektor, No: 001/K13/PP/2005 pada tanggal 10 Januari 2005, yang merupakan tanggal bersejarah. Departemen ini merupakan salah satu dari tiga departemen di Fakultas Kedokteran Hewan IPB berdasarkan SK Rektor, No. 112/K13/OT/2005. Departemen AFF merupakan gabungan dari departemen terdahulu yaitu Departemen Fisiologi dan Farmakologi serta Departemen Anatomi yang telah dihapuskan oleh SK Rektor No. 224/K13/OT/2005.